瞳の中の暗殺者
あらすじ①：最初の事件
雨の日の横断歩道。その近くの公衆電話でコナンは蝶ネクタイ型編変声機を使い、新一の声で蘭に電話をかけていた。
「またトロピカルランドに行きたい」と話す蘭に手を焼いているコナン。
トロピカルランドは新一が黒の組織と出会い、コナンになってしまった場所だ。
思い出に浸っていると、たまたま公衆電話のそばを歩美・元太・光彦が通りがかり、それを見たコナンは電話を切った。
歩美たちと合流し、横断歩道を渡ったコナン。
そこでコナン達とすれ違った奈良沢刑事が公衆電話に入るのだが、突如何者かに拳銃で撃たれ倒れてしまう。
コナンはその現場を目撃したが、横断歩道の信号は赤に変わり犯人を追いかけるも見失ってしまう……。
唯一の手掛かりは、「犯人が右手で傘を持ち、左手で銃を撃った」ということ。
使用された拳銃は女性でも扱いやすいものということがわかり、犯人の性別すらわからないのであった。
あらすじ②：2人目の犠牲者
刑事を狙った事件はまだ終わらない。後日、今度は芝刑事が自宅マンションの駐車場で射殺体となって発見された。
刑事ばかり狙われる事件ということで、心配した毛利小五郎は目暮警部のもとを訪ねる。
事件の概要を聞こうとしたが、目暮は全く話そうとしない。
刑事を狙った2件の事件。
このニュースを部長室で見ていた小田切警視長は眉を潜め、その手には『T・JINNNO』と書かれたライターが握られていた。
あらすじ③：佐藤刑事が被害者に……
このような事態であったが、白鳥刑事の妹の結婚を祝う会が米花ホテルで開かれた。会場には警察関係者に混ざり、小五郎・蘭・コナンも出席。また、小五郎の妻である英里や蘭の親友の園子も参加していた。
大勢の人々に迎えられ新郎新婦が入場する中、コナンは一人の男に気付く。
その男は周りを見渡し、周囲の人たちから逃げるようにして会場を出て行った。
小五郎は会場でも目暮警部に事件のことを訊ねるが、一向に事件の内容は秘密のまま。
唯一得られた情報は「死亡した刑事は2人とも警察手帳を握って亡くなっていた」ということだけ……。
そのとき、誰かが叱責する声が響き渡った。
そこには派手な髪の色、場にそぐわない恰好で来ていた小田切敏也が、父である小田切警視長に叱りつけられていた。
慌てて白鳥が仲裁に入るが、敏也は逆ギレして会場を出ていき、その姿を一人の女がじっと見つめていた。
蘭は化粧室で佐藤刑事と居合わせる。
刑事ばかり狙われる事件で佐藤刑事を心配する蘭だが、佐藤は「大丈夫よ」と笑う。
しかし、佐藤が化粧室を出ようとしたときに突然ホテルが停電。
何が起きたのか確認する佐藤の後ろで、蘭は洗面台の下にある懐中電灯に気付く。
蘭が懐中電灯を持った瞬間、何者かが拳銃で彼女らを撃つ。
咄嗟に蘭をかばった佐藤は体に銃弾を受ける。
灯りが復旧すると、蘭の前には血まみれで横たわる佐藤の姿が……。
意識をなくした佐藤を前にパニックになる蘭。
蘭の悲鳴を聞きコナン達はすぐに駆け付けるが、たどり着いたときには蘭もまた気を失っていたのだった。
警察関係者が集まる中で事件が起こったため、ホテルの出入り口はすぐに封鎖される。
フロア全体にいた人々全員の消炎反応を見て犯人を特定することになり、現場検証もおこなわれた。
そこでコナンは化粧室に落ちていた電気のついている状態の懐中電灯に目を止める。
そして全員を調べてみた結果、誰からも消炎反応は出なかった……。
あらすじ④：刑事3人の共通点と過去の事件
佐藤刑事と蘭はふたりとも米花薬師野病院に運ばれた。佐藤は意識不明の重体、手術をしても助かるかは50％という状況。
蘭は病院に運ばれ意識を取り戻したが、極度のパニックから記憶を失ってしまったのだった。
日常生活に必要なものは覚えているものの、コナンや親友の園子、両親のことさえ誰だか分からないという状態に……。
担当の医師となった風間は、記憶がなくなった原因は自責の念からくるものだと診断した。
「佐藤が自分のことをかばってくれた」「停電の中、自分が懐中電灯を拾わなければ撃たれなかったのではないか」というものだ。
娘の命が危機にさらされ、しびれを切らした小五郎が目暮警部を詰める。
そこで目暮はようやく口を開き、今回の事件が起こるきっかけとなる過去の事件について語りだした。
時は遡ること1年、去年の夏のことだった。
東都大付属病院の第一外科医・仁野保の遺体が自宅マンションで発見されるという事件。
仁野は手術道具のメスで右の頸動脈を切って亡くなっていた。
その事件を担当した警部は4人。
友成警部、そして今回の事件の被害者となった奈良沢・芝・佐藤だ。
遺体の第一発見者は仁野の妹で、ルポライターをしている環（たまき）。
彼女もホテルの会場にいて、小田切敏也のことをじっと見つめていたのが彼女だ。
仁野は亡くなる何日か前に手術ミスで遺族に訴えられており、部屋のワープロに自殺をほのめかす文章も残っていた。
このことから警察は自殺という結論を下すが、異を唱えたのは妹の環。兄は自殺などする人間ではないと言った。
紫色の髪の男と口論していたという目撃談もあり、容疑者として小田切敏也というロックバンド歌手が浮上するのだった。
敏也は仁野と組んで薬物の横流しをしていた疑いがあり、その件で揉めたのではないかと……。
友成警部と佐藤・奈良沢・芝刑事の4人が小田切敏也の張り込みをするが、その最中に友成警部は心臓発作を起こしてしまう。
「救急車を呼ぶと張り込みがばれるから呼ぶな！」と友成警部は他の者を制止し、自分で病院へ行くと言った。
しかし、心配した佐藤刑事がしばらくして後を追うと、友成警部が路上に倒れていた。
急いで東都大学付属病院に連れて行くが、亡くなってしまう。
通夜の席で息子の友成真が「なぜ救急車を呼ばなかったのか」と警察を責め、現在は行方知れずに……。
真も今回の事件現場（ホテル）で目撃されており、父の復讐という動機もある。
小田警視長が1年前の事件（仁野の自殺）の捜査のやり直しを命じており、佐藤・目暮・白鳥はその捜査をしていた。
あらすじ⑤：蘭の退院、思い出の遊園地
蘭は退院したが記憶が戻らないことから、別居中であった母親の妃英理がしばらく探偵事務所に住むこと。雨の中、タクシーで家を目指す。家の前に着きタクシーから降りようとすると蘭が異常に怖がる。
そこには傘を差した小五郎と水たまりがあった。
佐藤刑事が撃たれた現場が水浸しになっていたことから水たまりを怖がっていると小五郎は推測。
後日、英理と蘭・コナンで買い物に行こうとする。
蘭は犯人から狙われているかもしれないということから高木刑事が護衛することに。
しかし、電車のホームで高木が蘭から目を離した隙に、蘭は線路へ突き落とされる。
電車はすぐ近くまで来ていたが、コナンが咄嗟に飛び降り、間一髪で救出。
このことからコナンは蘭が犯人の顔を見ている可能性があると感じ、捜査を始める。
「なんとかして蘭の記憶が戻らないか……。」
誰もがそう思っていたときに、蘭が『工藤新一』という言葉に反応する。
新一との思い出地であれば記憶が戻る可能性を考え、蘭は少年探偵団と阿笠博士、園子、小五郎、高木刑事と一緒にトロピカルランドに行くことになった。
蘭たちがトロピカルランドに行ったことを知らないコナンは1人捜査の中で、仁野の妹・環に接触し、過去の事件の捜査資料を見せてもらえることに。
コナンと話している中で左手でライターを使い、タバコを吸った。
環が今まで右利きだと思われる行動をしていたため、コナンは違和感を指摘。
すると、「元々左利きだったが、右利きに治した。咄嗟のときについ左になってしまう」ということ聞き、コナンはある人物が思い浮かびます。
そして聞きこみの中、コナンは犯人の目星がつく。
このことを知らせようとコナンは探偵事務所へ電話をするが、蘭は外出中。
電話に出た英里に蘭の行き先をに聞き、トロピカルランドに向かうのだった。
あらすじ⑥：トロピカルランドでの結末
トロピカルランドに着いた蘭たち。休憩をするためにベンチに座り、高木刑事が席を外すことに。
高木刑事がいなくなると、近くにいたリスの着ぐるみが蘭に近づいてくる。
しかし、怪しい雰囲気を感じ取った少年探偵団と小五郎が着ぐるみを着た男を取り押さえます。
着ぐるみの中は友成警部の息子・友成真だった。
ナイフも所持していたことから蘭を狙っていた犯人と断定される。
真は何かを必死に訴えようとするが、少年探偵団の元太に大量の唐辛子ジュースを口に入れられ喋ることができない。
「もう狙われることはないとし」と安堵した小五郎は蘭と別ることにし、真の取り調べをすることに。
ようやく喋れるようになった真の供述によると、犯人に仕立てられるように何者かにはめられたとのことだった。
そこで警察を信用できない真は小五郎に相談しようと後をつけていたと話す。
ナイフは護身用だということも話し、小五郎は真犯人がほかにいて蘭がいまだに危険であることに気づく。
トロピカルランドについたコナンは展望台から蘭の場所を探す。
そして蘭の近くには真犯人の姿もあった。
探偵バッチで元太たちに人の多いところで蘭を守るよう指示するが、犯人がサイレンサー付きの拳銃で発砲。
蘭をかばった阿笠博士が狙撃されてしまう。これを見た蘭はひとり逃げ出してしまうのだった。
なんとかコナンが蘭を見つけ出し、一緒に安全な場所へ逃げることに……。
コナンたちはアトラクションを利用して犯人を振り切ろうとするが、犯人は追いかけてくる。
そして展望台の階段で真犯人と対峙することになり、犯人の顔が明らかに……。
真犯人は蘭の診療医である風戸だった。
風戸は右利きのように振舞っていたが、コナンは電話のボタンを左手で押している風戸の姿を思い出していたのだ。
そして風戸は犯行動機について語りだす。
風戸は本来外科としてとても有名な医師だったが、仁野のミスで手首を切られ外科から心療内科に移ることになった。
しかし、後日になり仁野がわざと自分の手首を切ったことを知り、外科医としての生命を絶たれたことを恨み、殺したと言う。
仁野殺害事件の再捜査を知り、当時の捜査員を次々殺すことにした風戸。
佐藤刑事を撃ったときに消炎反応がでなかったのは、傘差し銃を突き出して撃ったというトリックだった。
風戸が使ったトリックや証拠を突き付けたコナン達は再び風戸から逃げる。
こんな危険な状況でどうして助けてくれるのか蘭が聞くと、コナンは「好きだからだよ、世界中の誰よりも」と理由を答える。
コナンは風戸を噴水場まで誘導し、特大の噴水で風戸から姿を隠す。
コーラの缶を上に投げ、それを撃った位置から風戸の場所をつかんでコーラの缶を蹴るコナン。
缶だけでは風戸を倒すことはできなかったが、蘭の記憶が戻り、風戸は蘭の空手によって一気に倒される。
このタイミングで警察が駆け付け、風戸は手錠をかけられ逮捕。
そして佐藤刑事が回復した情報も聞き、事件は解決となった。
最後に蘭はコナンに「お父さんのプロポーズと同じセリフをいって思い出させようとしていたのね」とお礼を伝えた。
小五郎のプロポーズの言葉、それはコナンが蘭を助けるときに言ったセリフだったのだ。
コナンは小五郎と同じ発想である自分に肩を落とし、一件落着。