ベイカー街の亡霊
あらすじ①：２年前、すべての始まり
10歳にしてマサチューセッツ工科大学に通う天才少年ヒロキ・サワダ。
彼は皮膚や血液のデータからその人間の祖先を突き止めることができる『DNA探査プログラム』を開発して世間を騒がせた。
ヒロキの次の研究は人口知能だった。
１年で人間の５歳分もの成長をする人工知能の開発のため、彼はひとり机に向かい続けた。
両親の離婚により、母親とアメリカに渡ってきたヒロキだが、その母は病死。
その後、彼を父親の代わりとして育てていた男、IT業界の帝王トマス・シンドラー。
世間的には父親の代わりとして知られていたが、本当はヒロキを監視下に置いて公園で遊ぶこともさせないほど縛り付けているのが実態……。
旧約聖書の「ノアの方舟」の名を冠した人工知能『ノアズ・アーク』は人類史上最大の開発と言われている。
そして、一心不乱にパソコンに向かっていくヒロキ。
画面に「Noah's ark」の文字が点滅し始めると、一息ついたところでエンターキーを押した。
パソコンの画面が光りだし、鳴り響く警報器。
ヒロキは電話の一般回線にプログラムデータを流したのだ。
ヒロキは「ノアズ・アーク出航」との文字が浮き出た画面を寂しそうに見つめ、"サヨナラ"と口にするとそのままテラスに出て高層階から身を投げ出した。
刑法の音に慌ててヒロキの部屋に飛び込んだシンドラー。
そこで彼は唖然する。
パソコンの画面を見ると、そこには「さよならヒロキ」というノアズ・アークからのメッセージが浮かんでいた。
あらすじ②：新作ゲームの発表会
シンドラー･カンパニーの新作ゲーム発表会に招待されたコナン達。
このゲームに参加するのは財界や政界、芸能界で活躍する大物の子供や孫など特別招待された50人の子供達。
その中には会場でサッカーをするなど常識のない小学生たちも含まれていた。
少年探偵団は招待こそされていなかったものの、自らの力で参加するためのバッジを手に入れた。
ちょうどその頃、同じ会場の地下でゲーム開発者の樫村が殺害された。
ひそかに警察が捜査しており、被害者の樫村は血の付いた指で「J」「T」「R」とキーボードを打ち、ダイイング・メッセージを残す。
J・T・Rの謎を解くべく、コナンもコクーンに参加することを決意。
そして会場、体験ゲーム「コクーン」は動き出した途端、人工知能「ノアズ・アーク」によってゲーム操作を支配されてしまう。
1人でもゲームをクリアできなければ参加者全員の脳を破壊し、全員の命を奪うと宣告。
外から大人達が子供達を連れ出そうとするが、コクーンに電流が走り、むやみに手出しできない状態に……。
コナンは少年探偵団そして蘭と共に子供達の命をかけて4つのゲームの1つである「オールド・タイム・ロンドン」に参加。
ゲームの監修に関わっていたコナンの父・工藤優作も同じ会場に来ており、事件の存在を知る。
仮想世界ではコナン、現実世界では優作が警察と共に事件の謎を解き明かすため動き出す。
あらすじ③：100年前のロンドン
100年前のロンドンを舞台にした「オールド･タイム･ロンドン」では、実在した殺人鬼ジャック・ザ・リッパーを捕まえることができればゲームクリアとなる。
ゲームにはお助けキャラが存在するということをコナンたちは知り、このゲームではシャーロック･ホームズがお助けキャラだと推理した。
コナン達がシャーロック・ホームズを探している最中、一緒に参加していた小学生・諸星がビック･ベンの時計の動きがおかしいことに気づく。
その時計は最初、50分に長針があり、時間が減っていくというものだった。
そしてコナンは、その針の示す数字がゲームに残っている子供の数であると指摘、つまりひとつ針が戻ることにゲーム脱落者が出たということだ。
気が付くと時計の針はコナン達を含めた「オールド・タイム・ロンドン」に参加している人数のみに……。
コナン達はホームズに接触を試みるが、ホームズの自宅を訪ねても不在であった。
しかし、そこではホームズの資料から手掛かりを見つける。
ジャック・ザ・リッパーはホームズの宿敵・モリアーティ教授の手先だったのだ。
あらすじ④：ジャック・ザ・リッパー
コナン達はモリアーティ教授に会うため、その部下であるモラン大佐と接触するが、接触の最中に銃撃戦になり、歩美・元太・光彦ともうひとりの子供がゲームオーバーになってしまった。
しかし、モラン大佐とやり合うコナン達の姿をみたモリアーティ教授はジャックを捕まえる協力をすると言い出す。
ただし、それはジャックをおびき出すためにホームズの大切な女性であるアイリーン・アドラーの殺害をジャックに指示するというものだった。
翌日の新聞で知ったコナン達は急いでアイリーンの舞台へ向かい公演の中止をお願いするが、アイリーンに拒否されてしまう。
演奏中、会場に仕掛けられた爆弾が爆発し、アイリーンは間一髪で助けられる。
天井から降ってきたガレキがコナンを押しつぶそうとするが、灰原がそれを助けて脱落。
無事にアイリーンを助けた後、ジャックをみたコナン達はその姿を追い、駅の列車に飛び乗った。
一方、現実世界の優作は会場で起こった殺人事件の真相を解き明かしていた。
そして、謎解きと犯人について話始めるのであった。
あらすじ⑤：ダイイング・メッセージ『J・T・R』の真相
会場で起こった殺人事件の犯人はゲームを主催したシンドラー・カンパニーの社長・トマス・シンドラーだった。
ノアズ・アークの開発者でもあるヒロキは被害者である樫村の実の息子だったという真相が明らかになる。
樫村、ヒロキともに殺害された理由は、シンドラーがジャック･ザ･リッパーの子孫であるということを知られたからであった……。
同じ頃、コナンも列車内に逃げ込んだジャックを見つけ出し追い詰めるが、蘭が人質に取られてしまう。
列車の上でジャックと縄でつながれた蘭を見つけるが、コナンには救出する術がない。
そのとき、蘭が列車から自ら飛び降りてゲームから脱落し、ジャックも谷の底に落ちる。
ゲームクリアかと思いきや、列車は暴走し乗客はノアズ・アークの力で車掌ごといなくなってしまう。
このままでは駅にぶつかり大惨事になってしまいゲームオーバー……。
そのとき、突如お助けキャラであるホームズが現れ、「血まみれになっていない」とコナンに助言する。
それを聞いたコナンと少年・諸星は車両に積まれていたワイン樽を割り、車両内を赤ワインでプール状態にして衝突による衝撃を和らげることに。
見事ゲームにクリアしたコナンと諸星。
しかし、コナンは諸星がノアズ･アークの知能を持ったヒロキであると言い当てる。
コナンは時計の針の動きがおかしいこと、諸星がサッカー少年であったにも関わらず、サッカーボールに興味を示さなかったことでヒロキであると推測していた。
ヒロキは10歳ながらも天才と呼ばれ、友達と遊ぶことがなく、諸星の体を借りて遊んでみたかったと話し、消えていく。
ゲームをクリアしたコナンのおかげでゲームに参加していた50人の子供達は見事現実の世界に戻ることができた。
コナンと優作は話をすることはなかったが、目を合わせ、お互い信頼していたことを確かめ合う。
そしてコナンはヒロキを追悼するのであった。